造血干细胞移植工作始于二十世纪70年代，是国内最早开展自体造血干细胞移植的单位之一。当年侯虞华教授、张伯龙教授先后自英国学习归来，将该技术开始应用于血液肿瘤的临床治疗。90年代起，在沈悌教授、武永吉教授的领导下，移植数量及病种开始逐年上升，目前已发展成拥有6张百级层流病房，6张过渡病房、1个造血干细胞实验室的现代化造血干细胞移植中心。
目前我中心可以完成自体、亲缘异体、HLA不全相合、无关等不同供者移植，可以完成外周血、骨髓等多种来源干细胞移植，也可以开展标准和降低强度的不同预处理方式移植。移植方式主要依病种、病人状况、供者来源等进行选择。其中自体移植治疗自身免疫病、POEMS综合征的诊治水平基本接近世界先进水平，针对PNH、淋巴瘤、骨髓瘤、淀粉样变性等疾病的移植规模和经验也达到国内先进水平。我中心是中华骨髓库认证通过的移植医院和干细胞采集医院，可以为患者争取到更多的异体移植机会。
本中心依托协和医院强大的临床综合诊治实力，通过与免疫科、呼吸科、妇产科、放疗科、输血科、检验科、ICU等兄弟科室的合作，不仅有利于积极拓展移植适应症，而且充分保证了围移植期各种合并症和并发症的正确诊断和治疗。现代移植技术的发展进入全新的时代，成功植入干细胞已经不是主要的困难，各种新技术新方法产生的免疫紊乱会导致一系列并发症，正确处理这些移植相关并发症的重要性，甚至超过了移植本身。因此，在北京协和医院这样一所国内权威的疑难重症诊疗中心，患者将获得全方位的诊断和治疗的便利。
本中心有合理的人才梯队，主要从事移植的人员包括周道斌教授、段明辉副教授、张薇副教授等，以及专业的移植护理队伍。

本中心接受治疗的主要疾病包括：
 急性白血病和骨髓增生异常综合症：主要实施异基因造血干细胞移植，根据病人和供者条件，可采用清髓或非清髓移植。
 淋巴瘤和多发性骨髓瘤：首选自体造血干细胞移植，部分病人可行异基因造血干细胞移植。
 POEMS综合征和系统性淀粉样变性：主要采用自体造血干细胞移植，目前居国内领先。
 PNH（阵发性睡眠性血红蛋白尿）：主要行异基因造血干细胞移植。
 骨髓增殖性疾病：目前开始探索的疾病。
 自身免疫性疾病：和我院风湿免疫科合作，行自体外周血造血干细胞移植，达到国际先进水平。