北京协和医院于1955年成立中医办公室，1961年正式命名为中医科，当时由著名中西医结合专家史济招教授担任科室负责人。1979年聘请北京四大名医施今墨的入室弟子、著名中医祝谌予作为中医科主任。数十年来始终坚持以中西医结合作为学科建设和发展的主要方向，秉承“勤求古训、融汇新知、诚于品德、精于专业”的科室文化，开展医教研工作，培养了大批的中西医结合骨干人才。

科室现有在职医护人员43名，其中教授4名、副教授9名、主治医师8名、住院医师12名、护士10名，博士生导师3名，硕士生导师8名。拥有全国名中医1名，青年岐黄学者1名，全国优秀中医临床人才1名，首都国医名师1名，首都名中医5名，北京中青年名中医2名；全国名老中医药专家传承工作室1个，国家级师承工作指导老师7名，北京市师承工作指导老师4名；北京中医药新时代125工程领军人才1名、领衔人才2名、托举人才3名。

医疗方面：设有中医综合、中医糖尿病、中医风湿免疫病、中医肝炎、中医肿瘤、中医美容、中医妇科、中医治未病、针灸等多个亚专业门诊及4个中西医协同联合门诊（糖尿病、睡眠障碍、老年病和缓和医学）。年门诊量达15万人次以上，约50％为外地疑难病症患者。病房现有床位20张，以收治糖尿病及其慢性并发症、心脑血管病、风湿免疫病为主，兼顾呼吸系统、消化系统等适合中西医结合治疗的疾病；坚持三级医师查房和全科大查房等各项医疗安全核心制度；积极开展辨证施护，被评为“全国中医特色护理优秀科室”。此外，还参与疑难病MDT会诊，并承担全院的中医和针灸会诊。

教学方面：为北京协和医学院中西医结合学系的牵头单位，是教育部中西医结合博士及硕士学位授权一级学科点。承担北京协和医学院临床医学八年制、“4+4”临床医学试点班及护理学院本科生的《中医学》教学工作，研究生培养、中医师承、北京中医药大学毕业生及进修生、留学生的中医临床教学等任务。曾获北京市高等教育委员会教学成果二等奖及教育教学改革教学成果二等奖。 2009年《中医学》课程被评为北京协和医学院精品课程。2018年获北京市中医住院医师规范化培训“三优教学团队”。

科研方面：承担国家自然科学基金、科技部、国家中医药管理局基金及北京市自然科学基金、首都医学科研发展基金等课题81项。近5年在研课题31项。共发表论文600余篇，其中SCI论文100余篇，总影响因子达350分以上，获优秀论文奖20余篇。主编、参编书籍50多部。先后荣获国家科学技术发明奖、北京市科学技术奖、中国中西医结合学会、中华中医药学会、中国针灸学会等科技成果奖28项。多次在国内外学术会议上进行学术报告交流。