创建了适宜中国国情的艾滋病抗病毒治疗、综合诊治模式，牵头制定我国《艾滋病诊疗指南》，为艾滋病在我国由本世纪初的“不治之症”，转变为目前可长期存活的慢性病做出了突出贡献。
2003年非典疫情期间，率先报道SARS病人 T细胞改变特点，提出了“早期、小量、短程”的激素治疗方案，为疫情防控和救治发挥了重要作用。2020年初带队在武汉一线抗疫81天，首先提出新冠的“三阶段”发病机制和抗凝治疗，被业内专家广泛认可并写入多国指南，显著降低了新冠病死率。
研究成果先后获国家科技进步二等奖、教育部优秀成果一等奖、华夏医学科技一等奖、吴阶平医药创新奖等荣誉；入选国家“新世纪百千万人材工程”，获评2020年度全国先进工作者。
以通讯作者/第一作者在Lancet、Cell Res、EMI及CID等期刊上发表论文195篇，IF 总分2001；他引10996次，入选全球前2％顶尖科学家“终身科学影响力排行榜”。