中心郭丹副研究员与病理科梁智勇教授团队、军事科学研究院陈河兵教授团体通过生物信息学建立多组学联合分析算法
时间:2023.12.08 发布来源:本站原创

成果内容:

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期刊杂志:Computational and Structural Biotechnology Journal

影响因子:7.2

主要作者和团队成员:Dan Guo a, Qiu Xie, Shuai Jiang , Ting Xie, Yaru Li, Xin Huang, Fangyuan Li, Tingting Wang, Jian Sun, Anqi Wang, Zixin Zhang, Hao Li, Xiaochen Bo, Hebing Chen, Zhiyong Liang

使用仪器:生物样本库平台制备、检测分析及存储设备等

主要内容:本研究探究小细胞肺癌(SCLC)中染色质空间结构异常变化是否与肿瘤发生发展有关,通过两种SCLC细胞系和肺成纤维细胞系进行了Hi-C和RNA-seq测序,构建了TARGET算法,该算法基于染色质空间结构和转录组数据识别肿瘤中发生特异性改变的拓扑相关结构域(TAD)边界,并预测TAD边界异常改变后所调控的下游基因,并在临床样本上进行基因表达水平的验证(19/24)。该研究探讨了SCLC中染色质空间构象变化与基因异常表达之间的因果关联,首次明确阐释SCLC中多尺度染色质空间结构协同变化及对SOX2等癌基因激活、肿瘤发生的调控机制,揭示了染色质三维空间构象改变与肿瘤驱动之间的关联性。

代表性 figures:

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文章链接:https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.11.003

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