为贯彻落实中共中央、国务院关于雄安新区建设的决策部署，推动北京非首都功能疏解项目在雄安新区落地，高标准建设中国医学科学院北京协和医院国家医学中心（雄安院区）项目，经医院相关决策程序审议通过，决定成立北京协和医院国家医学中心（雄安院区）规划建设项目指挥部（以下简称指挥部）。
指挥部是项目建设期的最高管理与决策机构，全面负责本项目的统筹协调、规划建设、质量安全及日常管理工作。项目总指挥由医院主要领导担任，对项目战略规划、工程进度、资金执行、质量安全及廉政建设等负总责，全面领导雄安院区建设工作；执行指挥长负责日常统筹与精细化管理，确保建设任务高效推进。
指挥部下设雄安院区建设项目办公室和总工程师。雄安院区建设项目办公室负责“雄安项目”的组织实施和综合协调等具体事务，下设综合管理与规划部、工程建设管理部、智慧院区建设部、招采部等四个职能部门，分别承担规划协调、工程建设管理、智慧化部署、招标采购等专业工作。
成立独立的监审组，对项目进行全过程审计和全要素纪律监督。人事处、财务处、医学工程处等职能处室作为现阶段主要业务协同部门，对项目建设中的相关业务进行联动管理、高效落实。