北京协和医院内分泌科十分重视临床及临床研究工作，在此领域始终处于全国领先的地位。现在东西两院各设内分泌门诊1个，东院设病房2个，病床总数66张。门诊分为上午的普通内分泌门诊和下午的专病门诊，月门诊量约20000人次。专科门诊包括糖尿病、甲状腺、肾上腺和高血压、代谢性骨病、垂体和性腺疾病等，直接为临床科研服务。内分泌病房主要收治病情危重和诊断难度较大的病种。2002年成立了北京协和医院垂体疾病诊疗中心、糖尿病中心、肥胖疾病诊治中心，骨代谢疾病诊疗中心等4个医学中心，这些中心在临床、教学和科研工作中也发挥了一定作用。