北京协和医院心外科来自于我国著名外科学家吴英恺创建于1952年的北京协和医院胸外科。1937年9月21日王大同教授在北平协和医学院使用肺门止血带方法，为22岁支气管扩张的女病人，李某某（H-52832）成功地做了左肺下叶切除术。1940年4月26日吴英恺（时任北平协和医学院外科学系助教）为一男性58岁病人成功地做了经胸食管下端贲门癌切除，食管胃弓下吻合术，这比国际上Marshall 和Adams 以及Phemister的最早同样手术成功的报告只晚了两年，1941年吴英恺被派至美国华盛顿大学巴恩医院深造，归国后1950～1956年任我院外科学系主任期间，于1952年创建了全国第一个胸外科进修班，当时的协和医院胸外科只有19张床位，1961年黄家驷任协和医科大学校长和医科院院长时指导徐乐天与孙成孚、许佩璋、陈韵和等恢复重组胸外科，1972年北京协和医院完成了自己的第一例室间隔缺损直视修补手术。1994年1994年，著名心血管专家刘晓程调任到北京担任中国医学科学院和中国协和医科大学副院、校长和党委书记等领导职务，同时兼任协和医院心外科主任。2000年刘晓程教授离任。院领导为了加强心脏外科的力量于2002年聘任著名心脏外科专家朱晓东院士担任北京协和医院心外科主任，2003年5月，心外科床位增加至22张，其中4张术后ICU专用床。
2004年8月，苗齐教授接任心外科主任工作。当时面临着严峻的生存环境，心血管专科医院的快速发展极大挤压了综合医院的心脏外生存空间。为配合医院的发展，心外科及时调整了科室工作重点，停止开展普胸手术，专注于心脏大血管外科手术，严抓医疗质量，在稳步提高手术例数的前提下，重点提高手术成功率，降低死亡率。在技术方面，密切关注当代心脏外科在发展潮流。2010年心外科正式成为民政部“明天计划”指定实施单位。 同年，心脏外科还成为北京市心脏外科住院医师培训基地。随着医疗质量的不断提高，北京协和医院心外科逐渐获得医院和社会的认可，年门诊量、手术量连年增长。
